경기도와 수원시 권선구가 서울대 수원캠퍼스에 30억원의 세금을 부과하겠다고 나서 학교 측이 바짝 긴장하고 있다.

이는 서울대가 법인화하면서 부동산을 정부에서 무상 양여받은 후 첫 과세다. 학교 측이 결국 세금을 내게 되면 이와 비슷한 성격의 다른 부동산에 대한 지방자치단체의 과세가 줄을 이을 수 있다.

31일 서울대와 경기도 등에 따르면 경기도와 수원시 권선구는 각각 수원 농생대 캠퍼스에 대한 취득세 20억여원, 재산세 9억원 등 총 30억원 가량의 과세를 예고했다. 내달 초 고지서를 발송할 계획이다.

서울대는 수원 캠퍼스에 있던 농생대와 수의대를 2003년 서울 관악캠퍼스로 이전하고 나서 캠퍼스 부지를 매각하려 했지만 실패했다.

이후 2011년 12월 법인으로 전환하면서 수원 캠퍼스를 비롯한 서울대의 부동산은 정부로부터 무상 양도받은 것으로 정리됐다.

서울대는 이곳을 리모델링해 창업보육센터, 수의대 연구소, 수목원 숲 체험교실 등을 운영해 왔다.

경기도는 서울대가 무상 양도받은 것은 '재산의 취득'이기에 과세 대상이며, 이 땅이 교육 목적으로 사용되지 않아 면세 혜택을 줄 수도 없다는 입장이다.

현행 지방세특례제한법에 따르면 학교가 교육 목적으로 취득한 부동산은 취득세가 면제된다. 하지만, 정당한 사유 없이 취득일부터 3년이 지날 때까지 해당 용도로 사용하지 않으면 과세할 수 있다.

경기도 관계자는 "캠퍼스 부지 중 일부만 교육 목적으로 사용됐기에 나머지 방치된 부분에 대해 과세하는 것"이라고 말했다.

서울대는 강하게 반발하고 있다. 행정처분이 나오면 감사원 이의신청 등 불복 절차를 밟을 예정이다.

학교 예산이 부족해 시간이 걸렸을 뿐 점진적으로 교육용도로 쓰려고 하며, 이는 시기가 미뤄진 정당한 사유에 해당한다는 주장이다. 국립대학 법인인 서울대에 사립대학과 같은 기준으로 과세하는 것은 학교 법인화 취지에 맞지 않다는 논리도 펴고 있다.

서울대 관계자는 "서울대는 고등교육법상 지위가 여전히 국립학교"라며 "학교 예산의 절반 이상이 정부출연금인데 세금으로 이뤄진 정부 예산을 받아 다시 세금을 내는 것은 과세 원칙에도 맞지 않는다"고 비판했다.

2010년 12월 서울대 법인화법이 국회에서 날치기 통과되는 과정에서 면세 조항 등이 법안에 포함되지 않는 등 졸속으로 처리돼, 이 같은 논란이 초래됐다는 지적도 있다.

서울대의 우려는 크다.

만약 서울대가 세금을 내면 연구단지 예정지, 수목원 등 비슷한 성격의 다른 부동산에 대해서도 해당 지자체가 "교육용으로 쓰이지 않았다"며 세금을 부과하려 들 가능성이 크기 때문이다.

서울대는 서울 관악캠퍼스 외에 강원 평창의 그린바이오 연구단지를 비롯해 수원과 춘천 등지에 부동산을 보유하고 있다. 전남 광양의 학술림도 서울대가 무상 양도받는 방안이 추진되고 있다.

서울대 관계자는 "법인화 취지는 학교가 자유롭게 재정을 운영하라고 한 것이지 이 같은 부당한 과세를 당하려고 한 것은 아닌데, 말도 안 되는 상황이 벌어지고 있다"고 말했다.