국세청은 다음달부터 세무조사 과정에서 발생하는 조사 대상 기업이나 개인의 불평이나 불만을 수렴해 시정조치 등 업무에 반영하기로 했다.

또 중소규모 납세자에 대해서는 세무조사 연장 여부에 대한 최종 결정에 앞서 당사자들의 의견을 청취하기로 했다.

국세청은 이런 내용을 담은 납세자 권익 보호 강화 방안을 마련해 다음달부터 실행한다고 30일 밝혔다.

국세청은 우선 세무조사 종결 후 납세자보호담당관이 수입금액 연간 100억원 미만 등 중소규모 기업과 법인 납세자를 직접 방문해 세무조사 과정의 불만 등의 의견을 듣고 문제가 있다고 판단될 경우 시정조치하기로 했다.

납세자보호담당관은 현장 방문시 세무조사 절차 준수 여부, 조사 과정에서 납세자의 애로 사항, 조사결과 불복 청구 방식 안내, 징수유예 제도 안내 등의 삼담을 할 예정이다.

중소규모 기업 이외에 세무조사 종료 후 '고객평가 체크리스트'를 제출하지 않은 개인이나 기업도 방문 대상이다. 다만 납세자가 허락한 경우에 한해 현장 방문을 하기로 했다.

국세청은 또 2009년 10월 도입한 권리보호요청제도의 운영도 더욱 내실화하기로 했다. 이 제도는 세무조사로 인한 피해가 발생했을 경우 납세자나 세무대리인이 납세자보호담당관에게 권리 구제를 요청하는 것이다.

이 제도 시행 이후 지난 3월까지 총 3천175건이 접수됐고, 이 가운데 국세청은 2천905건에 대해 압류해제, 결정취소, 납부유예, 조사 중지 등의 조치를 했다.

국세청에 따르면 A사는 2012년 9월경 B세무서로부터 2008~2010년 법인세에 대한 조사(부분조사)를 받았다.

그러나 지난달 B세무서가 2010년도 법인세 통합조사를 나오자 A사는 국세청에 권리보호요청을 했고, 국세청은 중복조사로 판단하고 세무조사 중지 명령을 내렸다.

이와 함께 국세청은 중소규모 납세자를 상대로 세무조사 연장을 할 경우 이에 대한 의견을 전화나 팩스로 받아 연장 심리시에 반영하기로 했다. 이는 세무조사 연장으로 인한 납세자들의 부담을 최대한 줄이기 위한 것이다.

국세청은 과세전 적부심 심사대상을 납세고지 예정 세액 300만원 이상에서 100만원 이상으로 확대해 영세 납세자의 권리를 더 보호하기로 했다.