최근 5년 동안 조세감면 제도에 따라 대기업의 혜택은 늘었지만 중소기업은 줄어든 것으로 분석됐다.

특히 고용창출투자세액공제와 연구ㆍ개발(R&D)세액공제의 혜택은 90% 이상이 대기업에 집중돼 개선이 필요하다는 지적이 나왔다.

국회예산정책처는 29일 발간한 `2013년 조세지출예산서 분석' 보고서에서 2008~2012년 조세감면 현황을 수혜대상별로 분석한 결과 조세지출액 143조3천억원 가운데 기업이 27.4%로 가장 많았다.

기업에 대한 조세지출 가운데 대기업의 비중은 54.6%, 중소기업 비중은 27.8%였다.
같은 기간 조세지출 비중은 대기업(13.3%→15.5%)이 늘었지만 중소기업(8.0%→7.6%)은 줄었다. 근로자(20.1%→23.9%)와 자영업자(5.2%→6.8%), 취약계층(1.0%→3.8%)의 조세지출 비중도 확대됐다.

예산정책처는 내년에도 고용창출투자세액공제와 R&D 세액공제 등은 효과가 작고 의도하지 않은 집단에 혜택이 돌아간다며 제도개선을 권고했다.

우선 내년도 고용창출투자세액공제 금액 1조7천11억원 가운데 대기업이 89.3%(1조5천191억원)를 차지하는 점을 꼽았다. 고용을 늘리면 세금을 깎아주는 제도지만 기본공제의 고용유지 조건을 없애면서 고용창출 유인이 미흡하다고 지적했다.

내년 R&D 세액공제 규모는 1천578억원이며 이 가운데 대기업이 94.4%(1천489억원)을 가져갈 것으로 분석됐다. 연구시험용ㆍ직업훈련용 시설 투자 등 대규모 투자를 전제로 해 대기업에 유리할 수밖에 없다.

예산정책처는 "자금여력과 자본설비가 부족한 중소기업에 시설 투자를 독려할 수 있도록 대기업ㆍ중소기업에 동일하게 적용된 공제율을 개선해야 한다"고 제언했다.

회원제 골프장 입장료의 개별소비세 감면에 대해서는 "평균 1억6천만원 수준인 골프장 회원권을 보유한 이용객에게 2만원 내외의 세금이 미치는 효과는 제한적"이라고 평가했다.

장기주택마련저축 비과세를 종료하면서 신설한 `비과세 재형저축'과 `장기펀드 소득공제' 제도는 유동성이 막힌 저소득층에는 지원 효과가 크지 않다고 진단했다.

1년 미만 보유한 주택에는 양도세를 깎아주는 제도는 가격이 급등한 일부 지역에서만 세제혜택을 받을 수 있어 형평성에 어긋난다고 우려했다.

비과세ㆍ감면 노력도 미흡했다고 지적했다. 올해 일몰도래 항목 수 대비 폐지항목 수 비율은 23.3%로 2010년의 28.0%, 2011년의 21.4%와 비슷한 수준이다.