조세연구원은 '조세중립성 제고를 위한 비과세.감면제도 운용방안'에서 미래 성장잠재력 확충과 관련된 연구.개발(R&D), 설비투자, 구조조정 촉진 관련 제도와 근로자, 농어민, 중소기업 등 경제적 약자의 세부담을 경감하는 제도에 대해서는 지속적 지원이 필요하다고 지적했다.

그러나 국제적 기준과 부합하지 않거나 감면목적이 이미 달성된 제도, 실효성이 낮은 제도 등은 폐지 또는 감면율 축소 등이 필요하다고 주장했다.

또 조세특례제한법 및 소득세법 개별 세법에 규정됐으나 일몰시한이 없는 제도 중 한시적 지원이 바람직할 경우에는 일몰시한을 신설하는 방안도 고려해야 한다고 강조했다.

다음은 조세연구원이 제시한 분야별 비과세.감면제도 정비 방향이다.

◇연구 및 인력개발
R&D 분야는 우리 경제 성장잠재력 확충의 핵심적 요소인데다 투자에 따른 리스크가 크다는 점을 감안해 유지.강화가 필요하다.

R&D 투자 유지.확충 및 사업화를 촉진할 수 있는 연구 및 인력개발비 세액공제, 설비투자 세액공제, 기술취득금액 세액공제 등은 현행 제도를 유지해야 한다.

그러나 내국인에 대해 역차별 문제를 초래할 수 있는 외국인 기술자 소득세 면제 항목, 기술도입대가에 대한 소득세.법인세 감면제도는 국제적 기준에 부합하지 않으므로 단계적으로 조정해야 한다.

대학 교원에 대한 연구보조비 비과세의 경우 급여체계를 왜곡하고 다른 연구원과의 과세형평을 저해할 수 있으므로 초.중등 교원에 대한 지원 수준으로 낮춰야 한다.

제도 복잡성에 비해 실효성이 낮은 연구 및 인력개발 준비금 제도는 폐지하고 여기서 마련된 재원은 대.중소기업 협력 연구개발비에 대한 공제율 상향조정 등 실효성이 높은 분야에 사용하는 것이 바람직하다.

◇설비투자
설비투자에 관한 비과세.감면 제도 역시 경기활성화와 성장동력 확충을 위해서는 유지가 필요하다. 다만 다른 제도와 중복되거나 기업 의사결정에 왜곡을 초래할 수 있는 제도는 정비해야 한다.

세부적으로 기업의 경쟁력 강화를 지원하고 긍정적 외부효과를 보유한 생산성향상시설 투자세액공제, 환경.안전설비 투자세액공제 제도는 현행대로 유지하고 저출산 고령화에 대비해 기업의 직장보육시설 확충 등을 유도하기 위한 근로자복지증진시설 투자세액공제제도도 지속적인 지원이 필요하다.

그러나 경기가 어려운 상황에 한시적으로 운용해야 하는 임시투자세액공제는 경기.설비투자동향에 미치는 영향을 고려한 뒤 연장 여부를 결정해야 한다.

임시투자세액공제 제도의 일몰을 연장할 경우에도 다른 투자지원 조세감면제도와의 중복성 문제, 기업 자원배분 의사결정 왜곡 우려 등을 감안해 공제율을 적정 수준으로 조정해야 한다.

 
◇구조조정, 사회간접자본(SOC)
산업.기업의 경쟁력 향상에 도움이 되는 구조조정, 전략적 제휴 등에 대해서는 조세 지원을 유지하되 감면목적이 달성됐거나 지원 규모가 큰 분야는 적정 수준으로 조정해야 한다.

현물출자 등 지주회사 설립에 대한 과세특례, 유동화전문회사.기업구조조정투자회사 등에 대한 등록세 면제 및 중과배제 제도, SOC 채권에 대한 이자소득 비과세제도 등은 기업구조조정 활성화, 민간재원 투자 유도 등의 목적을 위해 현행 제도를 유지해야 한다.

해외자원개발투자 배당소득 법인세 면제는 투자실적이 없는 농.축.수산물은 대상에서 제외하고 석유 등 광물투자로 지원 대상을 한정해야 한다.

부당공제가 우려되는 재활용폐자원 매입세액공제제도는 영수증 공제한도를 신설하고 고액 자산가에게 과도한 지원이 될 수 있는 장기보유주식 배당소득 비과세제도는 기준금액을 하향조정해야 한다.

방송장비 도입 초기 부담을 완화하기 위한 디지털TV 방송장비 관세감면 제도는 도입 현황을 고려해 감면율을 축소해야 한다.

외환위기시 도입됐지만 지원목적이 달성된 기업구조조정전문회사에 대한 과세특례, 제도 신설 후 회사설립 실적이 전무한 자기관리부동산 투자회사 등에 대한 과세특례 제도는 폐지해야 한다.

소수 대형 공기업에 대한 재정.조세 이중지원 문제를 유발하는 SOC 투자준비금 손금산입제도도 폐지하고 국제적 영세율 기준에 부합하지 않는 도시철도건설용역에 대한 부가가치세 영세율제도는 지원대상을 국가에 직접 공급하는 경우로 한정해야 한다.

일반법인보다 기관투자가가 받는 배당소득을 우대하는 기관투자가 배당소득 익급불산입 특례제도는 익금불산입율을 일반법인 수준으로 축소해야 한다.

 
◇중소기업
중소기업에 대한 비과세.감면은 인력.자금 측면에서 불리한 위치에 있는 중소기업을 지원하되 실효성에 중점을 두고 정비해 나가야 한다.

항목별로 보면 중소기업 창업투자회사 등에 대한 과세특례, 중소기업 창업투자회사 출자에 대한 과세특례 및 출자소득 공제제도는 중소기업 창업자금 확보 지원 차원에서 지원을 계속해야 한다.

창업단계 세부담 완화를 위한 창업중소기업 세액감면제도, 수입금액 증가에 따른 세액공제제도, 지속적인 투자를 통한 중소기업의 성장을 지원하는 중소기업 투자세액공제제도도 현행대로 유지해야 한다.

구조조정을 통해 경쟁력을 강화할 수 있도록 벤처기업의 전략적 제휴를 위한 과세특례, 물류기업의 전략적 제휴를 위한 과세특례, 중소기업 최대주주의 주식할증평가 적용에 대한 특례제도 등도 현행대로 지원해야 한다.

그러나 간접투자기구에 대한 증권거래세 면제제도는 증권거래세를 부담하는 개인 직접투자와의 과세 형평성을 저해하므로 폐지해야 하고 코스닥상장 중소기업 사업손실준비금 제도 역시 지원목적이 달성된 만큼 연장 필요성이 낮다.

고용창출형 창업기업 세액감면제도는 이용실적이 미미하고 창업중소기업 특별세액감면제도와 중복지원 성격을 가지고 있어 폐지가 바람직하다.

◇농어민
농어민에 대한 비과세.감면은 영농 기자재, 유류 등에 대한 지원은 농어민의 어려움을 고려해 당분간 유지하는 대신 지원효과가 미미하거나 중복되는 제도, 조세회피수단으로 이용 가능한 제도는 축소, 폐지해야 한다.

농어가 소득창출에 기여하고 영농 대형화.기업화를 통한 경쟁력 강화를 지원하는 제도는 현행 유지가 필요한데 영농조합법인에 대한 법인세 면제, 영어조합법인 법인세 면제, 농공단지 입주기업 세액감면, 농업회사법인 법인세 면제, 도서지역발전용 석유류 교통세 면제, 조합법인 등에 대한 법인세 과세특례 등이 그 예다.

그러나 금융기관간 과세형평을 저해하는 농수협 등의 고유목적사업준비금 손금산입 특례는 일반 비영리법인 수준으로 조정하고 실제 농어민 가입비율이 낮아 조세회피수단으로 이용될 가능성이 높은 비과세 예탁금제도는 저율분리과세로 전환하는 한편 폐지법률안이 제출된 농어가목돈마련저축은 당초 일정대로 폐지해야 한다.

감면실적이 거의 없는 농협 등에 대한 손금산입특례, 자경농민에 대한 증여세.농지양도세 면제제도는 중복지원 성격과 조세회피 수단 이용 가능성을 감안해 폐지가 바람직하다.

농협 등 조합원 융자서류 인지세 면제제도 등 소규모 감면은 정비하고 농협중앙회 등의 합병에 대한 법인세 과세특례는 조세지원 필요성이 소멸된만큼 연장 필요성이 낮다.

  
◇저축지원
취약계층과 연금.건강 관련 분야는 계속 지원하되 단순 저축지원이나 과세 형평성을 저해하는 지원제도는 폐지해야 한다.

따라서 무주택 근로자의 내집마련을 지원하는 장기주택마련저축 비과세제도는 현행대로 유지하고 일반적인 저축장려상품인 세금우대종합저축은 일반인에 대한 특례는 폐지하고 노인.장애인 등에 대한 지원은 기존 생계형 저축으로 흡수.통합해 지원해야 한다.

 
◇근로자 및 공익사업
자영업자와의 형평성을 감안, 근로자 지원은 당분간 유지하고 공익사업은 실효성과 조세회피 가능성, 정책목적 달성 여부 등을 감안해 조세감면 항목을 정비해야 한다.

근로자 지원 방안 중 무주택 근로자에 대한 주택보조금 과세특례, 우리사주조합원에 대한 과세특례, 일반택시운송사업자에 대한 부가세 경감, 공익사업용 토지에 대한 양도세 감면은 근로자 소득 및 주거안정 지원, 운송종사자의 처우 개선 차원에서 유지해야 한다.

반면 주식매수선택권(스톡옵션) 도입 초기 활성화를 위해 도입된 스톡옵션에 대한 과세특례제도는 지원목적이 달성됐고 근로자와의 과세형평성을 저해할 수 있어 폐지해야 한다.

전문예술법인에 대한 기부금 손금산입한도 추가부여제도와 산재의료관리원 출연금 손금산입제도도 폐지가 필요하며 급식이 강제되지 않는 대학교 급식용역에 대한 부가가치면제제도 제외해야 한다.

5억 초과 고액복권 당첨소득에 대한 분리과세 혜택은 기준금액을 하향조정하고 제도 실효성이 낮은 문화사업준비금 손금산입제도, 박물관 이전에 대한 양도소득세 면제도 폐지가 필요하다.

공익법인간 과세형평을 저해하는 학교법인 해산에 따른 증여세 특례, 부동산 실과과세 정책방향과 배치되는 공익사업용 부동산에 대한 기준시가 과세제도도 폐지하는 것이 바람직하다.